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預測毒理工具箱



前言

預測毒理學是21世紀新興發展的毒理學研究方法之一。目前許多化學物質沒有詳盡的毒理資料,預測毒理學可應用於初步篩選及危害排序,以便規畫後續的毒理試驗,也可應用於了解化學物質的毒性機轉等研究。環毒中心與高雄醫學大學團隊已發展兩套預測毒理的工具,並引進國際間普遍使用的工具及資料庫,今建立此平台與產、官、學界分享及溝通,期望能促進毒理學的發展及毒理學應用於台灣相關議題的管理。


CTD

CTD是一個公開的資料庫,可整合實驗資訊、相關的毒理基因體學數據、基因本體論(GeneOntology, GO)及相關途徑的分析 (KEGG Pathway)推論化學毒物的毒性機轉及疾病之關係。

Reference:
Davis AP, Grondin CJ, Johnson RJ, Sciaky D, King BL, McMorran R, Wiegers J, Wiegers TC, Mattingly CJ. The Comparative Toxicogenomics Database: update 2017. Nucleic Acids Res. 2016 Sep 19;[Epub ahead of print] PMID:27651457

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ACToR

ACToR是美國環保署所發展的一個整合性預測毒理學資源的網站。目前整合化學結構資料庫 (Chemistry Dashboard)、高通量生物活性測試資料庫 (ToxCast)、內分泌干擾素檢測 (Endocrine Disruption Screening Program)等。可供未來發展預測毒理學模式建構使用。

Reference:
Judson RS, Martin MT, Egeghy P, et al. Aggregating Data for Computational Toxicology Applications: The U.S. Environmental Protection Agency (EPA) Aggregated Computational Toxicology Resource (ACToR) System. International Journal of Molecular Sciences. 2012;13(2):1805-1831. doi:10.3390/ijms13021805.

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OECD QSAR Toolbox

為經濟合作暨發展組織(Organisation for Economic Co-operation and Development, OECD)所發展的QSAR工具箱,QSAR Toolbox 通過使用定量構效關系(QSAR)方法,將化學物質按組或類別分類,並通過交叉參照填補數據缺口,對REACH註冊下化學品的毒性危害進行趨勢分析,並預測毒性終點,如NOAEL、BMDL10等

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ChemDIS

ChemDIS為一化學品-疾病關係的整合性分析平台,主要用於評估化學品對人體的潛在健康風險,透過串聯化學品-蛋白質體與蛋白質體-疾病間交互作用建立交互作用網路,並以超幾何分布來推導化學品-蛋白質-疾病三者間的關連性,不僅提供化學品潛在影響之基因/蛋白功能、生物途徑及疾病,還能幫助產生實驗假說供後續實驗驗證。此平台整合多個國際知名資料庫,包括化學品資料庫PubChem、蛋白質-化學品交互作用資料庫STITCH、基因功能資料庫Gene Ontology(GO)、探討生物路徑的資料庫KEGG和Reactome、標準化疾病資料庫DO及容易解讀的疾病資料庫DOLite。在第2.1版中ChemDIS已經能夠分析40多萬個化學品,並提供化學品混合物交互作用分析與客製化分析等功能。

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