分析工具新增「開放性結構活性/特性關係應用程式」(OPERA)



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更新日期:2020-03-06

       為了提供可靠並可用於法規目的之QSAR/QSPR模型,用於分析環境中感興趣的化學物質特性,美國環境保護署(U.S. EPA)的國家計算毒理學中心(National Center For Computational Toxicology, NCCT)建立開放性結構活性/特性關係應用程式(Open Structure-activity/property Relationship App, OPERA)。OPERA是免費的開放原始碼/開放資料的QSAR模型套裝軟體,提供物化特性、環境宿命參數、毒性終點的預測。所有OPERA模型都建立於經過整理的數據與使用開放原始碼工作流程標準化的QSAR就緒(QSAR-ready)化學物質結構。

       OPERA持續由美國環境保護署與美國國家毒物計畫替代性毒理學方法跨部門評估中心(The National Toxicology Program (NTP) Interagency Center for the Evaluation of Alternative Toxicological Methods, NICEATM)合作開發。下列為OPERA最近新增的預測功能:

  • 雌激素受體活性協作預測(Collaborative Estrogen Receptor Activity Prediction Project, CERAPP)
  • 雄激素受體活性協作模擬 (Collaborative Modeling Project for Androgen Receptor Activity, CoMPARA)
  • 急毒性協作模擬(Collaborative Acute Toxicity Modeling Suite, CATMoS),急性口服全身毒性
  • 物化特性,例如酸解離常數(pKa)和辛醇-水解離係數(logD)

       OPERA模型的其他預測終點:

  • 物化參數,例如辛醇-水分配係數(logP),水溶性和熔點
  • 藥物動力學(pharmacokinetic)模型輸入參數,例如肝清除率(hepatic clearance )與血漿蛋白未結合比例(plasma fraction unbound)
  • 生態毒性參數,例如魚類生物濃縮係數(bioconcentration factor)、土壤吸附係數(adsorption coefficient)、生物降解性

目前OPERA的毒性與物化特性預測可在化學結構資料庫(CompTox Chemistry Dashboard)與化學品資訊分析整合平台(The Integrated Chemical Environment, ICE)使用。另外,也可以至NIEHS GitHub repository下載OPERA應用程式,直接安裝於電腦本機使用。

本站相關介紹:
網路講座:「ICE化學品資訊分析整合平台 - 支援毒性評估的工具與數據」(英語字幕)
相關資源-分析工具:「開放性結構活性/特性關係應用程式」(OPERA)
相關資源-分析工具:「化學品資訊分析整合平台」(ICE)

編譯:徐如欣研究助理 / 校稿:鄭獻仁博士、林嬪嬪代理所長